伊犁师范大学教育科学研究所成立于2004年，是一所从事教育及其相关领域研究的校级科研机构。作为伊犁师范大学的教育科学研究机构，教育科学研究所肩负着学术研究、实践探索、政策咨询以及服务地方基础教育研究的重任。近年来教育科学研究加强了与国内知名师范大学在教育科学研究领域的合作，目前已凝练形成了“高质量师范生培养”、“乡村教师高质量发展”、“师范生心理健康教育”“教师数字化能力提升”四个具有本土特色的研究方向。

教育科学研究所成员由教育科学学院小学教育、教育技术两个教研室教师组成，目前有科研人员25人，其中教授4人、副教授3人、具有博士学历的10人。

教育科学研究所近五年来在科研领域取得了丰硕的成果：获立国家社科基金一般项目1项，全国教育科学规划西部项目1项，全国教育科学规划单位资助项目1项，教育部人文社会科学基金项目1项，国家民委课题1项，自治区哲学社会科学基金项目2项；获自治区哲学社会科学奖2等奖2项，三等奖1项，青佳奖1项；在中国教育报，SSCI、CSSCI来源期刊，全国中文核心来源期刊发表论文累计40余篇，出版专著多部。

今后，教育科学研究所将继续立足伊犁师范大学，贯彻落实国家高质量教育体系建设和《新时代基础教育强师计划》的战略要求，围绕学校高质量师范生培养和博士点建设工作，不断加强与国内高水平师范大学、地方师范大学和地方中小学的交流与合作，进一步增强服务学校人才培养、科学研究和地方基础教育发展的能力。